Entre as diferenças, as mais fáceis de serem reconhecidas é pela observação da estrutura interna das colônias. A abelha africanizada (Apis mellifera), que possui ferrão, armazena o pólen e mel em favos, ao passo que as abelhas sem ferrão constroem potes para armazenar o pólen e o mel.
Além disso, nas abelhas sem ferrão, as células de cria (onde estão localizados os ovos colocados pela rainha que se desenvolverão em novas abelhas), estão posicionadas horizontalmente. Na abelha africanizada, posicionam-se verticalmente.
Outra diferença diz respeito ao número de machos com os quais a rainha virgem acasala na natureza. As rainhas das abelhas sem ferrão acasalam com apenas um macho, ao passo que as rainhas da abelha africanizada acasalam, em média, com 15 machos.
