Diferença entre o que é produzido e o potencial máximo de produção da planta. O déficit de polinização pode ser causado por falhas no fluxo de pólen, ou seja, quantidade ou qualidade inadequada de pólen transportado entre plantas de polinização cruzada. As falhas podem ocorrer devido ao baixo número de visitas dos polinizadores, formas inadequadas de visitas (falta de contato entre o visitante floral e os órgãos reprodutivos), deposição de pólen impróprio à fertilização ou autoincompatibilidade.
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